Ce film est basé sur le jeu de rôle très populaire sur console de 1997 Final Fantasy VII. Le film se déroule deux ans après les événements du jeu. Cloud Strife (héros principal de la série), se voit obliger d’enquêter sur un mystérieux fléau appelé « Geostigma » qui a ravagé pendant des années la population. Deux ans après les événements de Final Fantasy VII, les survivants de Midgar ont commencé à construire une nouvelle ville, qui se nomme Edge, à la périphérie de l’ancienne métropole. Après l’épreuve de force de Cloud contre Sephiroth, il a vécu avec Tifa dans Edge. Marlene et un jeune orphelin nommé Denzel ont été confiés à leurs soins. Après avoir reçu un message de Tifa, Cloud est attaqué par trois hommes, Kadaj (voix de Showtaro Morikubo dans la version japonaise et Steve Staley dans la version anglaise), Loz (voix de Kenji Nomura dans la version japonaise et Fred Tatasciore dans la version anglaise), et Yazoo (ce qui est exprimé par Yuji Kishi dans la version japonaise et Dave Wittenberg dans la version anglaise), qui croient qu’il a caché leur «mère». Le leader, Kadaj, met fin à la bataille quand il découvre que Cloud ne disposent pas de leur « mère ». Cloud répond à un message de Tifa, qui lui dit que les Turcs ont un emploi pour lui. Lors de la rencontre, Cloud découvre que Rufus Shinra est encore vivant.